Um ecossistema, assim como outros sistemas dinâmicos, é considerados um sistema complexo. Uma eleição, a economia de um país, o clima de certa região e o ecossistema de uma ilha, por exemplo, são sistemas complexos, porque seus diferentes estados ao longo do tempo decorrem de relações imprevisíveis entre suas partes constitutivas. Sistemas complexos são compostos por vários aspectos que interagem entre si, formando uma nova estrutura, que por sua vez construirá novas e mais complexas relações, e assim por diante. Os sistemas complexos não são simplesmente a soma da atuação de suas partes, como um relógio ou um motor; são muito mais complicados. Não é por outra razão que para se estudar o desenvolvimento destes sistemas, são necessários computadores de altíssima potência, processando bilhões de informações por segundo.
Este novo ambiente, se usado para a agricultura, será submetido a soluções lineares e mecanicistas – preparação do solo para o plantio, semeadura, adubação, irrigação, aplicação de herbicidas e inseticidas. São intervenções que atacam apenas alguns pontos do sistema de plantio, como suprir alimento e água e afastar eventuais concorrentes e predadores; mas sem conseguir aprofundar a interação entre seus elementos originais, como acontecia no ecossistema original. Um dos aspectos a observar neste caso é que a vegetação original, que ocupava a área, era um sistema com milhares, talvez milhões de anos de interação entre seus membros. A cada mudança de condições – enchentes e secas prolongadas, períodos de frio ou de calor mais intensos – este ecossistema teve condições de lentamente se adaptar e voltar a entrar em equilíbrio, mesmo com o desaparecimento de uma ou outra espécie, em função da mudança de condições.
A intervenção do homem, transformando aquele complexo sistema ecológico em algo mais simples, destinado a produzir uma, duas ou três espécies de vegetais – sorgo, milho e girassol -, suprimiu bactérias, protozoários, fungos, animais e vegetais, que propiciavam um excelente equilíbrio ao ecossistema original. Com diversidade de espécies menor, o ecossistema agrícola torna-se mais vulnerável às pragas e ao desequilíbrio – como um corpo com carência de certas vitaminas.
A demanda por alimentos no mundo será cada vez maior. Assim, o maior desafia do setor agrícola será desenvolver conhecimentos sistêmicos, a fim de aumentar a produção sem destruir completamente os ecossistemas originais.